Mit Kriegsende und Zusammenbruch des Dritten Reichs kam im Mai 1945 die gesamte deutsche Filmindustrie zum Erliegen.
Die reichseigenen Produktionsgesellschaften Ufa, Universum Film, Bavaria, Tobis und Terra wurden von den Alliierten aufgelöst, ihr Vermögen beschlagnahmt und bis 1953 verwaltet.

In den ersten Nachkriegsjahren sorgten die West-Alliierten Kontrollbehörden dafür, dass nur solche Filme in die Kinos kamen, die politisch unbedenklich waren. Hierzu zählten vor allem amerikanische Produktionen, die seit 1941 nicht mehr in deutschen Kinos gezeigt wurden.
Hinzu kamen Reprisen aus dem Unterhaltungsrepertoire sowie so genannte Überläufer: Filme, deren Produktionsbeginn noch vor Kriegsende gelegen hatte, die aber erst nach Kriegsende fertiggestellt worden waren.

Erst um 1950 begannen die West-Alliierten damit, Lizenzen für deutsche Filmproduktionsfirmen zu erteilen und damit den Markt zu liberalisieren.
1953 übergaben die West-Alliierten die Verwaltung des ehemals reichseigenen Filmstocks an die Bundesrepublik Deutschland.
Noch im gleichen Jahr verabschiedete der Bundestag ein ’Gesetz zur Abwicklung und Entflechtung des reichseigenen Filmvermögens’, das eine möglichst rasche Privatisierung vorsah. 1956 verkaufte die Bundesrepublik den Filmstock an die neugegründeten Firmen Bavaria Filmkunst GmbH und Universum Film GmbH.

Nachdem 1965 der Bertelsmann Konzern, der 1962 die Universum Film GmbH übernommen hatte, beabsichtigte, seinen gesamten Filmstock in die USA zu verkaufen, einigten sich Bundesregierung, Bertelsmann und die Spitzenorganisation der Filmwirtschaft (SPIO) auf die Gründung einer Stiftung bürgerlichen Rechts. Diese sollte die Filmstöcke von Bertelsmann und der Bavaria übernehmen.

Im Januar 1966 wurde die nach dem Regisseur Friedrich Wilhelm Murnau benannte Stiftung mit Sitz in Wiesbaden gegründet.
Die Murnau-Stiftung hat die Aufgabe, Rechte und Material von kulturell und historisch bedeutenden Filmen zu erhalten, zu verwalten, wissenschaftlich auszuwerten und der Öffentlichkeit zugänglich zu machen.
Dieser Auftrag bezieht sich insbesondere auf den im Besitz der Stiftung befindlichen Filmstock, zu dem neben dem ehemals reichseigenen Filmvermögen auch die Filme aus den Nachkriegsproduktionen der Universum-Film AG aus der Zeit von 1956 bis 1961 sowie der Bavaria Filmkunst GmbH aus der Zeit von 1956 bis 1962 zählen.

In der Zeit ihres Bestehens hat die Murnau-Stiftung wesentlich zur Wahrung und Verbreitung des deutschen Filmerbes beigetragen.
Die Stiftung gewährleistet, dass die historisch-künstlerischen Zeugnisse der deutschen Filmgeschichte in Kinos, auf Festivals, im Fernsehen oder in anderen Medien technisch einwandfrei und unter gesicherten rechtlichen Bedingungen zu sehen sind.